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上海市地处东经120°52′至122°12′，北纬30°40′至31°53′之间，位于太平洋西岸，亚洲大陆东沿，中国南北海岸中心点，长江和黄浦江入海汇合处。北界长江，东濒东海，南临杭州湾，西接江苏和浙江两省。是长江三角洲冲积平原的一部分，平均高度为海拔4米左右。西部有天马山、薛山、凤凰山等残丘，天马山为上海陆上最高点，海拔高度99.8米，立有石碑“佘山之巅”。海域上有大金山、小金山、浮山（乌龟山）、佘山岛、小洋山岛等岩岛。在上海北面的长江入海处，有崇明岛、长兴岛、横沙岛3个岛屿。崇明岛为中国第三大岛，由长江挟带下来的泥沙冲积而成，面积为1041.21平方公里，海拔3.5米～4.5米。长兴岛面积88.54平方公里，横沙岛面积55.74平方公里。
1949年，上海的土地面积仅仅为636平方公里。1958年，江苏省的嘉定、宝山、上海、松江、金山、川沙、南汇、奉贤、青浦、崇明10个县划归上海，使上海市的辖区范围扩大到5910平方公里，几乎是1949年的10倍。2006年末，上海总面积为6340.5平方公里，其中陆地面积6218.65平方公里，长江口水域面积1107平方公里，滩涂面积376平方公里。全国第二次土地调查中，全市土地调查总面积为8359.12平方公里（1253.87万亩）。截止到2009年12月31日，全市耕地1897.59平方公里（284.64万亩）；园地179.89平方公里（26.98万亩）；林地506.05平方公里（75.91万亩）；草地16.41平方公里（2.46万亩）；城镇村及工矿用地：2557.94平方公里（383.69万亩）；交通运输用地：402.17平方公里（60.33万亩）；水域及水利设施用地：2749.17平方公里（412.38万亩）；其他土地49.90平方公里（7.49万亩）。
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和成体珊瑚相比，珊瑚早期阶段与虫黄藻之间的共生关系更加灵活且是动态的。例如，鹿角珊瑚幼体于野外环境一个月后可以和多种虫黄藻建立共生关系，而且多种类型并未在成体中出现，随着生长发育幼体所含的优势虫黄藻类型也多发生改变。
珊瑚礁环境海水中自由态虫黄藻的多样性很高，珊瑚幼体最初对共生藻的获取很可能是随机的。然而，特定类型的虫黄藻可以塑造珊瑚共生体系的早期生长发育和对环境胁迫的响应和适应。例如，与C型虫黄藻共生的鹿角珊瑚幼体生长发育速度明显快于与D型共生的幼体，而与D型虫黄藻共生的幼体对高温耐受能力则强于与C型共生的幼体。
共生建立是珊瑚早期生命阶段的里程碑事件，自此虫黄藻开始进行光合作用并为珊瑚宿主提供额外的营养和能量供给，这对幼体生存和环境适应性尤为关键。珊瑚早期阶段有潜力根据发育过程中生理需求和环境变化筛选合适的虫黄藻类型以达到最优状态。
